Националният археологически институт с музей при БАН работи върху цялостното изследване на материалната и духовната култура на племената и народите, населявали днешните български земи от най-дълбока древност до ХVІІІ в. НАИМ-БАН е национален център и координатор на всички теренни археологически проучвания на територията на България и осъществява научен и методически контрол над тях. Археологическият музей е най-големият в България и със своите експозиции е един от най-важните центрове в страната за популяризиране миналото на днешните български земи. Със своя научен и музеен потенциал НАИМ-БАН е най-голямата научно-изследователска институция за археология в Югоизточна Европа. В настоящия си вид НАИМ-БАН функционира от 1949 г. и се явява продължител на дейността и правоприемник на Отдела за ценности към създадената през 1878-1879 г. библиотека в София, преобразуван в 1892 г. в Народен музей, и Българския археологически институт, образуван през 1921 г. като първи научен институт в България.

Предвид спецификата на изследваната проблематика, Националният археологически институт с музей – БАН включва следните научни структурни звена: пет хронологически и тематично профилирани секции (Секция за праистория; Секция за тракийска археология; Секция за антична археология; Секция за средновековна археология; Секция за нумизматика и епиграфика), една проблемна група (Проблемна група за интердисциплинарни изследвания), два Филиала за проучване на древните български столици (в Шумен и във Велико Търново) и Археологически музей. С оглед оптимизация на дейността, през 2003 г. в Археологическия музей беше осъществена структурна промяна, в резултат на което бяха обособени два отдела: Експозиции и Фондове. Научно-изследователската дейност, административно-стопанските и финансовите въпроси в НАИМ-БАН се обслужват от няколко специализирани звена (Редакционно-издателска група; Научен архив; Счетоводство; Канцелария и деловодство). Директор на НАИМ-БАН е доц. д-р Людмил Вагалински, заместник-директори – доц. д-р Бони Петрунова и доц. д-р Мария Рехо, научен секретар – доц. д-р Мария Гюрова.